مؤسسه‏ آموزشی‏ و ‏پژوهشی امام خمینی(ره) تحت نظارت عالیه مقام معظم رهبری «دامت‌بركاته» اداره می‏‌شود و رئیس و مدیر آن از سوی رهبر معظم انقلاب «مدظله‌العالي» تعيين می‌شود. اين امر مهم از سوی معظم‌له به فيلسوف و حكيم فرزانه حضرت استاد علامه محمدتقی مصباح يزدی «رضوان الله تعالی علیه» واگذار شده بود. ايشان به‌عنوان يك فقيه، مفسر، فيلسوف، ژرف‌انديش متفكر و آينده‌نگر و صاحب‌نظر در مسائل اساسی اسلامی، از ديرباز، مسائل و مشكلات حوزه‌های علميه و نيازهای جامعه و نظام اسلامی را به ‌صورت عميق شناخته و در راستای آن به ارائه طرح‌ها و برنامه‌های بديع پرداختند كه از آن جمله می توان به تأسيس مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمينی(ره) و هدايت، مديريت و توسعه كمی و كيفی آن اشاره کرد. پس از رحلت آن پیر فرزانه هم اینک ریاست مؤسسه از طرف رهبر معظم انقلاب بر عهده حضرت آیت‌الله آقای حاج شیخ محمود رجبی واگذار شده است.